Ao entrar para a Companhia de Jesus, em 1616, começa oficialmente a sua vida de missionário, que o levaria a fazer inúmeras obras.
Apesar de querer levar a Palavra de Deus aos territórios ultramarinos franceses, seus superiores preferiram que ele ficasse no país. Nesta época, a França tinha terminado as guerras de religião que acabaram por dividir o país em católicos e protestantes.
Desta maneira, este santo ficou conhecido por seu intenso trabalho de evangelização em hospitais e prisões, além de construir um abrigo para prostitutas que desejassem mudar de vida.
Ainda intercedeu junto às autoridades da cidade de Toulouse para que os habitantes do município de Puy pudessem continuar a fabricar rendas, o meio de sustento dos mais pobres.
O jesuíta era descrito como um valente missionário, tendo enfrentado duas epidemias da peste que assolaram a sua comunidade.
Foi transferido para a cidade de Lalousvec em pleno inverno e contrai pneumonia. Mesmo assim continua pregando e atendendo confissões, mas não resiste. Aos 43 anos, em 1640, Francisco Régis falece; e mais tarde, pelo seu exemplo de santidade, o Papa Clemente XII o canoniza em 1737.